Os sistemas agroflorestais, que combinam árvores nativas com plantações, são considerados poderosos aliados para aumentar a produção de alimentos sem ameaçar a biodiversidade, tão afetada pela agricultura convencional. Mas, apesar de as agroflorestas terem reais vantagens para a conservação, a diversidade de espécies nesses ambientes não equivale à da vegetação intacta. Estudo no sul da Bahia, por exemplo, mostra que as agroflorestas de cacau mantêm uma alta diversidade das aves da região, mas algumas espécies sofrem com a degradação, reforçando a importância da preservação da vegetação original da mata atlântica.

Um dos grandes desafios para os conservacionistas na atualidade é preservar a biodiversidade frente à crescente demanda por alimentos, uma vez que a produção agrícola representa o principal fator de degradação das florestas tropicais no mundo. Um estudo de 2010, liderado pela pesquisadora Holly Gibbs, da Universidade de Wisconsin-Madison, nos Estados Unidos, demonstrou que, entre 1980 e 2000, mais de 55% das novas áreas agrícolas foram estabelecidas a partir da perda de florestas intactas. E há um agravante para reverter ou minimizar esses danos: as estratégias de reflorestamento, muitas vezes, podem ser inviáveis ou custosas demais para implementação em larga escala.

Zonas degradadas por diferentes sistemas agrícolas são o que resta de muitos ecossistemas tropicais, como a mata atlântica. Por isso, cientistas têm voltado suas atenções ao manejo ou à recuperação dessas áreas, em busca de paisagens mais amigáveis ou sustentáveis. Nesse sentido, ganham importância para a conservação de espécies os sistemas agroflorestais sombreados, nos quais as terras dedicadas ao plantio convivem com florestas raleadas (em que é retirada parte das árvores nativas), em oposição às monoculturas, em que uma única espécie substitui a vegetação original, como as plantações de eucalipto.