Morcegos utilizam habitações humanas em grande parte pelas mesmas razões que nós: para se proteger de intempéries, obter um local seguro enquanto dormem e fornecer condições adequadas para suas crias. Em certos casos, a convivência pacífica entre morcegos e seres humanos debaixo do mesmo teto é possível. Mas em alguns locais esses animais não devem ser permitidos, como hospitais, estabelecimentos que trabalham com alimentos ou onde sua presença possa estimular o desenvolvimento de organismos patogênicos.

Nessas situações, a retirada dos morcegos é recomendada e deve ser feita sempre de maneira ética e, de preferência, por pessoas qualificadas para tal. Vale lembrar que, como animais silvestres, os morcegos estão protegidos por lei e, para capturá-los e manuseá-los, é necessária a licença dos órgãos ambientais. Bombas, venenos e armadilhas devem ser evitados, pois, além de serem ineficientes em médio e longo prazos, são métodos cruéis que levam à morte desnecessária dos animais.

Morcegos buscam abrigo em locais onde a temperatura é geralmente constante e onde estejam protegidos de correntes de vento e da chuva. Telhados, forros de casas e vãos entre pilastras geralmente se encaixam nessas especificações. Alterar as condições ambientais do abrigo, aumentando a ventilação ou expondo-o ao sol, pode afugentar os morcegos, mas geralmente eles são persistentes e se mudam para outras porções do telhado. A maneira mais eficaz de ter um local livre de morcegos é impedir sua entrada através de barreiras físicas, sejam telas de contenção colocadas entre as telhas e as vigas do telhado ou a vedação de possíveis pontos de entrada.